Im Verbandsgebiet erstrecken sich ca. 2.500 km Fließgewässer. 1900 km oberirdische Fließgewässer liegen derzeit im Zuständigkeitsbereich des WVER. Neben der Unterhaltung und dem Ausbau dieser Gewässer werden 50 Hochwasserrückhaltebecken und verschiedene Hochwasserschutzanlagen betreut. Weitere sind in Bau oder Planung.
Ein Schwerpunkt der Arbeit an den Fließgewässern ist auch der naturnahe Rückbau von Gewässerabschnitten. Favorisierte man in der Vergangenheit die schnelle Abführung von Hochwässern durch leistungsfähige, begradigte Gewässerprofile, was dann oft zu Hochwasserproblemen im Unterlauf der Rur bzw. an ihrer Mündung in die Maas führte, so will man heute den Wasserabfluss wieder verlangsamen und neuen Retentionsraum schaffen. Ebenso dient der naturnahe Rückbau der ökologischen Durchlässigkeit für Flora und Fauna im Fließgewässer. Der WVER konnte hier insbesondere mit einem eigenen Maßnahmenpaket unter dem Namen „RIPARIA” hohe Fördersummen aus dem INTERREG-II-C-Programm, einem Förderprogramm der EU und vom Land NRW, im Rahmen der IRMA (Interreg Rhine-Meuse Activities) erlangen.
